r.mdwn

   1 https://r-graphics.org
   2
   3 Inspired by https://canvas.harvard.edu/courses/5749/assignments/syllabus (STAT E-100, Fall 2015)
   4
   5     > options(warn=-1) # warnings from `library` are annoying
   6     > options(device="png") # instead of Rplots.pdf
   7     > out <- capture.output(suppressMessages(library("mosaic")))
   8     > # conduct analyses of Titanic data
   9     > # frequency table of counts with marginal totals
  10     > tally(~Survived, format = "count", data = Titanic, margins = TRUE)
  11
  12        No   Yes Total
  13       618   427  1045
  14     > # bar graph of survival
  15     > bargraph(~Survived, data = Titanic)
  16
  17 <img src="titanic/Rplot001.png">
  18
  19     > # frequency table of propotions with marginal totals
  20     > tally(~Survived, format = "proportion", data = Titanic, margins = TRUE)
  21
  22        No   Yes Total
  23      0.59  0.41  1.00
  24     > # frequency table of percentages with marginal totals
  25     > tally(~Survived, format = "percent", data = Titanic, margins = TRUE)
  26
  27        No   Yes Total
  28        59    41   100
  29     > # pie chart of survival
  30     > pie(tally(~Survived, format = "count", data = Titanic))
  31
  32 <img src="titanic/Rplot002.png">
  33
  34     > # contingency table of counts
  35     > tally(~Class + Survived, format = "count", margins=TRUE, data = Titanic)
  36             Survived
  37     Class      No  Yes Total
  38       Lower   369  131   500
  39       Middle  146  115   261
  40       Upper   103  181   284
  41       Total   618  427  1045
  42     > # contingency table of proportions without conditioning
  43     > tally(~Class + Survived, format = "proportion", margins=TRUE, data = Titanic)
  44             Survived
  45     Class       No   Yes Total
  46       Lower  0.353 0.125 0.478
  47       Middle 0.140 0.110 0.250
  48       Upper  0.099 0.173 0.272
  49       Total  0.591 0.409 1.000
  50     > # contingency table of percentages without conditioning,
  51     > tally(~Class + Survived, format = "percent", margins=TRUE, data = Titanic)
  52             Survived
  53     Class       No   Yes Total
  54       Lower   35.3  12.5  47.8
  55       Middle  14.0  11.0  25.0
  56       Upper    9.9  17.3  27.2
  57       Total   59.1  40.9 100.0
  58     > # conditioning on survival
  59     > # Of those who survived, what percentage were in the lower class? (31%)
  60     > tally(~Class | Survived, format = "percent", data = Titanic, margins=TRUE)
  61             Survived
  62     Class     No Yes
  63       Lower   60  31
  64       Middle  24  27
  65       Upper   17  42
  66       Total  100 100
  67     > # conditioning on passenger class
  68     > # Of those in the lower class, what percent survived? (26%)
  69     > tally(~Survived | Class, format = "percent", data = Titanic, margins=TRUE)
  70             Class
  71     Survived Lower Middle Upper
  72        No       74     56    36
  73        Yes      26     44    64
  74        Total   100    100   100
  75     > # Dodged Bar Graph: Survival with Class Subgroups
  76     > bargraph(~Survived, groups=Class, auto.key=TRUE, data=Titanic)
  77
  78 <img src="titanic/Rplot003.png">
  79
  80     > # Dodged Bar Graph: Class with Survival Subgroups
  81     > bargraph(~Class, groups=Survived, auto.key=TRUE, data=Titanic)
  82
  83 <img src="titanic/Rplot004.png">
  84
  85     > # Stacked Bar Graph: Survival with Class Subgroups
  86     > bargraph(~Survived, groups=Class, auto.key=TRUE, stack=TRUE, data=Titanic)
  87
  88 <img src="titanic/Rplot005.png">
  89
  90     > # Stacked Bar Graph: Class with Survival Subgroups
  91     > bargraph(~Class, groups=Survived, auto.key=TRUE, stack=TRUE, data=Titanic)
  92
  93 <img src="titanic/Rplot006.png">
  94
  95     > # Unconditional Distribution of Survival and Conditional Distributions of Class
  96     > mosaicplot(~Survived + Class, color=TRUE, data=Titanic)
  97
  98 <img src="titanic/Rplot007.png">
  99
 100     > # Distributions of class conditional on survival
 101     > tally(~Class | Survived, format = "percent", data = Titanic, margins=TRUE)
 102             Survived
 103     Class     No Yes
 104       Lower   60  31
 105       Middle  24  27
 106       Upper   17  42
 107       Total  100 100
 108     > # Unconditional Distribution of Class and Conditional Distributions of Survival
 109     > mosaicplot(~Class + Survived, color=TRUE, data=Titanic)
 110
 111 <img src="titanic/Rplot008.png">
 112
 113     > # Distributions of survival conditional on class
 114     > tally(~Survived | Class, format = "percent", data = Titanic, margins=TRUE)
 115             Class
 116     Survived Lower Middle Upper
 117        No       74     56    36
 118        Yes      26     44    64
 119        Total   100    100   100