r.mdwn

   1 Inspired by https://canvas.harvard.edu/courses/5749 (STAT E-100, Fall 2015)
   2
   3     > options(warn=-1) # warnings from `library` are annoying
   4     > options(device="png") # instead of Rplots.pdf
   5     > out <- capture.output(suppressMessages(library("mosaic")))
   6     > # conduct analyses of Titanic data
   7     > # frequency table of counts with marginal totals
   8     > tally(~Survived, format = "count", data = Titanic, margins = TRUE)
   9
  10        No   Yes Total
  11       618   427  1045
  12     > # bar graph of survival
  13     > bargraph(~Survived, data = Titanic)
  14
  15 <img src="titanic/Rplot001.png">
  16
  17     > # frequency table of propotions with marginal totals
  18     > tally(~Survived, format = "proportion", data = Titanic, margins = TRUE)
  19
  20        No   Yes Total
  21      0.59  0.41  1.00
  22     > # frequency table of percentages with marginal totals
  23     > tally(~Survived, format = "percent", data = Titanic, margins = TRUE)
  24
  25        No   Yes Total
  26        59    41   100
  27     > # pie chart of survival
  28     > pie(tally(~Survived, format = "count", data = Titanic))
  29
  30 <img src="titanic/Rplot002.png">
  31
  32     > # contingency table of counts
  33     > tally(~Class + Survived, format = "count", margins=TRUE, data = Titanic)
  34             Survived
  35     Class      No  Yes Total
  36       Lower   369  131   500
  37       Middle  146  115   261
  38       Upper   103  181   284
  39       Total   618  427  1045
  40     > # contingency table of proportions without conditioning
  41     > tally(~Class + Survived, format = "proportion", margins=TRUE, data = Titanic)
  42             Survived
  43     Class       No   Yes Total
  44       Lower  0.353 0.125 0.478
  45       Middle 0.140 0.110 0.250
  46       Upper  0.099 0.173 0.272
  47       Total  0.591 0.409 1.000
  48     > # contingency table of percentages without conditioning,
  49     > tally(~Class + Survived, format = "percent", margins=TRUE, data = Titanic)
  50             Survived
  51     Class       No   Yes Total
  52       Lower   35.3  12.5  47.8
  53       Middle  14.0  11.0  25.0
  54       Upper    9.9  17.3  27.2
  55       Total   59.1  40.9 100.0
  56     > # conditioning on survival
  57     > # Of those who survived, what percentage were in the lower class? (31%)
  58     > tally(~Class | Survived, format = "percent", data = Titanic, margins=TRUE)
  59             Survived
  60     Class     No Yes
  61       Lower   60  31
  62       Middle  24  27
  63       Upper   17  42
  64       Total  100 100
  65     > # conditioning on passenger class
  66     > # Of those in the lower class, what percent survived? (26%)
  67     > tally(~Survived | Class, format = "percent", data = Titanic, margins=TRUE)
  68             Class
  69     Survived Lower Middle Upper
  70        No       74     56    36
  71        Yes      26     44    64
  72        Total   100    100   100
  73     > # Dodged Bar Graph: Survival with Class Subgroups
  74     > bargraph(~Survived, groups=Class, auto.key=TRUE, data=Titanic)
  75
  76 <img src="titanic/Rplot003.png">
  77
  78     > # Dodged Bar Graph: Class with Survival Subgroups
  79     > bargraph(~Class, groups=Survived, auto.key=TRUE, data=Titanic)
  80
  81 <img src="titanic/Rplot004.png">
  82
  83     > # Stacked Bar Graph: Survival with Class Subgroups
  84     > bargraph(~Survived, groups=Class, auto.key=TRUE, stack=TRUE, data=Titanic)
  85
  86 <img src="titanic/Rplot005.png">
  87
  88     > # Stacked Bar Graph: Class with Survival Subgroups
  89     > bargraph(~Class, groups=Survived, auto.key=TRUE, stack=TRUE, data=Titanic)
  90
  91 <img src="titanic/Rplot006.png">
  92
  93     > # Unconditional Distribution of Survival and Conditional Distributions of Class
  94     > mosaicplot(~Survived + Class, color=TRUE, data=Titanic)
  95
  96 <img src="titanic/Rplot007.png">
  97
  98     > # Distributions of class conditional on survival
  99     > tally(~Class | Survived, format = "percent", data = Titanic, margins=TRUE)
 100             Survived
 101     Class     No Yes
 102       Lower   60  31
 103       Middle  24  27
 104       Upper   17  42
 105       Total  100 100
 106     > # Unconditional Distribution of Class and Conditional Distributions of Survival
 107     > mosaicplot(~Class + Survived, color=TRUE, data=Titanic)
 108
 109 <img src="titanic/Rplot008.png">
 110
 111     > # Distributions of survival conditional on class
 112     > tally(~Survived | Class, format = "percent", data = Titanic, margins=TRUE)
 113             Class
 114     Survived Lower Middle Upper
 115        No       74     56    36
 116        Yes      26     44    64
 117        Total   100    100   100